પ્રોટીન અને બીજા નાઈટ્રોજનયુક્ત પદાર્થોનું, બેક્ટેરીયા તેમજ થોડા પ્રમાણમાં એક્ટિનોમાઈસીસ અને ફૂગ દ્વારા ઉત્પન્ન થતા પ્રોટીનેઝ ઉત્સેચકની મદદથી વિઘટન થઇ એમિનો એસિડમાં રૂપાંતરિત થાય છે, જેવા કે બેસિલસ, સ્યૂડોમોનાસ. આ પ્રક્રિયાને વૈજ્ઞાનિક ભાષામાં ‘પ્રોટીઓલાઈસીસ’ કહેવામાં આવે છે. એમિનો એસિડનું એમિનિયામાં એમોનિફિકેશન દ્વારા રૂપાંતર એમોનિફાઇંગ બેક્ટેરીયા દ્રારા ઉત્પન્ન થયેલ એમોનિયા, છોડ વાપરે છે અથવા તો નાઈટ્રીક ઓક્સાઈડ અને નાઈટ્રેટમાં નાઈટ્રોસોમોનાસ અને નાઈટ્રોબેક્ટર જેવા બેક્ટેરીયા દ્રારા રૂપાંતરિત થાય છે. આ ક્રિયાને નાઈટ્રીફિકેશન કહેવામાં આવે છે. નાઈટ્રેટ, છોડ ઉપયોગમાં લે છે અથવા તેનું જમીનમાં ઊંડે ઉતરી જાય છે.
