કંદના રોગોમાં કોમન સ્ક્રેબ અને કાળાચાઠાનો રોગ મુખ્ય છે. કોમન સ્ક્રેબના તથા કાળા ચાઠાના નિયંત્રણ માટે બિયારણને વાવતાં પહેલાં આખા બટાટાને બોરીક એસીડ (આઇપી ગ્રેડ) ૩ ટકાના (૩૦ ગ્રામ દવા ૧લીટર પાણીમાં) દ્રાવણથી માવજત આપવી જરુરી છે. બટાટા બેસવાની અવસ્થાએ એટલે કે, વાવણી બાદ ૨૫ થી ૪૦ દિવસ વચ્ચે ટૂંકાગાળે પિયત આપવું જેથી રોગને નિયંત્રીત રાખી શકાય. ઉપરોક્ત બંને રોગ માટે કેટલીક ખેતી પદ્ધતિઓ જેવીકે, ચોમાસામાં લીલો પડવાશ કરવો, પાકને ટૂંકાગાળે પિયત આપવું, ઉનાળામાં જમીનની ઊંડી ખેડ કરી તપાવવી, પાક ફેરબદલીમાં રજકો અને રજકા બાજરી તથા અન્ય ધાન્ય પાકો લીધા પછી બટાટાનો પાક લેવાથી રોગ ઓછો કરી શકાય છે.
ફૂગજન્ય રોગોમાં આગોતરો સુકારો મુખ્ય છે. જેના નિયંત્રણ માટે વાવેતર બાદ ૩૫-૪૦ દિવસે પ્રથમ છંટકાવ કલોરોથેનોનીલ ૭૫% વે.પા.ના રપ ગ્રામ પ્રમાણે અને રોગની તીવ્રતા વધુ હોય તો બીજો છંટકાવ પ્રથમ છંટકાવ બાદ ૧૦ થી ૧૫ દિવસે હેકઝાકોનાઝોલ ૫% ઇ.સી.ના ૫ મી.લી. પ્રમાણે અને ત્રીજો છંટકાવ૧૦ થી ૧૫ દિવસ બાદ ફરીથી કલોરોથેનોનીલ ૭૫% વે.પા.ના ૨૫ ગ્રામ/ ૧૦ લિટર પાણી પ્રમાણે કરવાથી પણ આગોતરો સુકારાનું ઘણું સારું નિયંત્રણ મળે છે. હવામાન જ્યારે વાદળવાળુ અથવા કમોસમી માવઠા જેવું હોય ત્યારે ખાસ છંટકાવ કરવો, કુવારા પિયત પદ્ધતિથી પિયત આપતા ખેડૂતોને દવાનો પંપથી છંટકાવ કરવા તદ્ઉપરાંત આ રોગ સામે પ્રતિકારક શકિત ધરાવતી કુફરી બાદશાહ, કુફરી પુખરાજ જેવી જાતોનું વાવેતર કરવા ભલામણ છે.
સ્ટેમ નેફોસીસ રોગ આગોતરા વાવેતરમાં વિશેષ જોવા મળે છે. થ્રિપ્સ નામની જીવાતથી ફેલાવો થાય છે. ઠંડી વધુ હોય તો આ રોગનું પ્રમાણ ઓછું જોવા મળે છે. છોડના થડ પર જમીનની ઉપર શરૂઆતમાં નાના રાખોડી રંગના ગોળાકાર સ્વરૂપે ટપકાં જોવા મળે છે. આ ટપકાં ધીરેધીરે મોટા થઈ થડ પર લાંબા કાળા રંગના ચાઠા પડી જાય છે. રોગની ઉગ્રતા વધતાં પાનના સાંધાઓમાં પણ ફેલાય છે. થડમાંથી છોડ નમીને ભાગી જાય છે. અને અંતે પાક સુકાવા લાગે છે. સમયસર વાવેતર કરવાથી રોગનો ઉપદ્રવ ઓછો જોવા મળે છે. વહેલી વાવણી કરેલ હોય તો વાવણી બાદ ૩૦માં દિવસે અને ત્યારબાદ ૧૫ દિવસના અંતરે બે છંટકાવ ઈમીડાકલોપ્રીડ ૩ મિ.લિ. દવા ૧૦ લિટર પાણી પ્રમાણે છંટકાવ કરવો અને પાછોતરા વાવેતરમાં પણ આવા એકલદોકલ છોડ જોવા મળે તો ઉપરોકત દવાના ૧૫ દિવસના અંતરે બે છંટકાવ કરવા.


